长崎综合科学大学附属于日本长崎县长崎市的职业足球俱乐部，现参加日本九州足球联赛。该俱乐部成立于1967年，由长崎综合科学大学的学生组成，旨在培养足球人才。
俱乐部成立之初，主要参加长崎县内的业余足球比赛。1999年，俱乐部首次获得长崎县联赛冠军，并晋级全国地域联赛。2003年，俱乐部再次获得长崎县联赛冠军，并晋级日本足球联赛。
2006年，俱乐部获得日本足球联赛亚军，并首次晋级日本职业足球乙级联赛。2007年，俱乐部获得日本职业足球乙级联赛第10名，并保级成功。2008年，俱乐部获得日本职业足球乙级联赛第12名，并保级成功。2009年，俱乐部获得日本职业足球乙级联赛第16名，并降级至日本足球联赛。
2010年，俱乐部获得日本足球联赛第10名。2011年，俱乐部获得日本足球联赛第9名。2012年，俱乐部获得日本足球联赛第11名。2013年，俱乐部获得日本足球联赛第10名。2014年，俱乐部获得日本足球联赛第9名。2015年，俱乐部获得日本足球联赛第10名。
2016年，俱乐部获得日本足球联赛第5名。2017年，俱乐部获得日本足球联赛第6名。2018年，俱乐部获得日本足球联赛第7名。2019年，俱乐部获得日本足球联赛第9名。2020年，俱乐部获得日本足球联赛第10名。
俱乐部的主场是长崎综合科学大学附属高中体育场。俱乐部的队服是橙色和黑色。俱乐部的队徽是一只足球，上面写着“Nagasaki Institute”。
俱乐部成立之初，主要参加长崎县内的业余足球比赛。1999年，俱乐部首次获得长崎县联赛冠军，并晋级全国地域联赛。2003年，俱乐部再次获得长崎县联赛冠军，并晋级日本足球联赛。
2006年，俱乐部获得日本足球联赛亚军，并首次晋级日本职业足球乙级联赛。2007年，俱乐部获得日本职业足球乙级联赛第10名，并保级成功。2008年，俱乐部获得日本职业足球乙级联赛第12名，并保级成功。2009年，俱乐部获得日本职业足球乙级联赛第16名，并降级至日本足球联赛。
2010年，俱乐部获得日本足球联赛第10名。2011年，俱乐部获得日本足球联赛第9名。2012年，俱乐部获得日本足球联赛第11名。2013年，俱乐部获得日本足球联赛第10名。2014年，俱乐部获得日本足球联赛第9名。2015年，俱乐部获得日本足球联赛第10名。
2016年，俱乐部获得日本足球联赛第5名。2017年，俱乐部获得日本足球联赛第6名。2018年，俱乐部获得日本足球联赛第7名。2019年，俱乐部获得日本足球联赛第9名。2020年，俱乐部获得日本足球联赛第10名。
俱乐部的主场是长崎综合科学大学附属高中体育场。俱乐部的队服是橙色和黑色。俱乐部的队徽是一只足球，上面写着“Nagasaki Institute”。